Miljøministeriet arbejder målrettet med miljøledelse på flere forskellige niveauer. Grundstenen i arbejdet med miljøledelse er ministeriets interne miljøpolitik. Den interne miljøpolitik omsættes til praksis via en årlig fælles handlingsplan, som beskriver konkrete mål og indsatsområder på tværs af ministeriet, samt i de enkelte styrelser. Handlingsplanen følges op af en årlig miljøredegørelse eller et statusnotat, hvor der gøres status for udviklingen i forbrug af ressourcer mv.
Miljøstyrelsen og Miljøministeriets departement er EMAS-registreret. En del af Naturstyrelsen er desuden kvalitetsledelsescertificeret efter ISO9001-standarden.