Miljøministeriet har 9 landbrugsbedrifter som er autoriserede som økologiske bedrifter. Disse bedrifter udgør ca. 6.000 ha. Landbrugsarealerne dyrkes under vidtgående hensyntagen til landskab, natur, miljø, kulturhistorie og friluftsliv.
Ud af Miljøministeriets samlede arealer er ca. 21.500 ha jord i landbrugsmæssig drift ifølge den seneste opgørelse fra 2005. Hovedparten heraf, 17.000 ha, er permanent græs og lysåbne naturarealer som enge, heder eller overdrev, hvor hovedformålet med landbrugsdriften er naturpleje. De resterende godt 4.000 ha er jord i omdrift, hvor dyrkningen fortsættes af historiske grunde og af kulturhistoriske hensyn. Det drejer sig bl.a. om arealerne under en række tidligere godser i Jylland (Fussingø, Hald Hovedgård og Kalø).
Der gælder en række væsentlige begrænsninger for landbrugsdriften på alle styrelsens arealer, hvoraf de vigtigste er: at der ikke må anvendes pesticider, at der ikke må tilføres gødning på de permanente græsarealer og at arealer i omdrift kun må gødes med 80 % af gødningsnormen.
Flere steder i statsskovene producerer Miljøministeriet juletræer og klippegrønt. Siden 2003 er produktionen sket uden brug af pesticider. Desuden produceres hvert år økologiske juletræer i statsskovene.
Størstedelen af produktionen eksporteres til udlandet, men der afsættes også juletræer og klippegrønt til danske kirkegårde og juleudsmykning af byer rundt om i Danmark. Hvert år leveres store torvejuletræer til mange byer, som f.eks. juletræet på Rådhuspladsen i København. Flere steder i statsskovene sælges der desuden juletræer og klippegrønt til private, hvor familier f.eks. kan tage ud og fælde deres eget juletræ.